insanlık bir sonraki evrimini bilim yoluyla yaşamış ve yeni bir insan türü olan "coordinator" ler ortaya çıkmıştır. seri boyunca genleri düzeltilip bir sonraki evrimine adım atmamış insanlara ise natural adı verilmiştir.
naturaler dünya da yaşarken coordinatorler seri boyunca plant olarak bahsedilen bir yönetim kurmuş ve uzaydaki kum saati şeklindeki kolonilere yerleşip burada gelişmeye devam etmişler. bu topluluğu tehlikeli olarak gören dünya devletleri ise birleşmiş ve earth alliance'ı oluşurmuştur. earth alliance'ın coordinatorlerin bir kolonisine nuke atması sonucu coordinatorler kendi askeri toplulukları olan zaft' ı oluşturarak naturallere karşı koymaya başlamıştır.
savaşın çok kısa bir sürede naturaller tarafından kazanılacağı ön görülse de coordinatorlerin çok daha güclü, zeki ve dayanıklı yapıları naturallere karşı koymalarını sağlamıştır
hikayemiz cosmic era'nın 71.yılında başlıyor. plant ve earth alliance savaşının 1. yılı biterken ana karakterimiz kira yamato, arkadaşları ve eyşan flay tarafsız heliopolis kolonisinde öğrencilik hayatlarını sürdürmektedirler. ne kadar tarafsız gözükse de heliopolis savunma sanayisi earth alliance'ın en yeni silahları uzay savaşlarında aerodinamiği ve hareket kabiliyeti ile öne çıkan archangel ve de çeşitli farklı özelliklere sahip 6 gundamın üretimini üstlenmiştir. bunu öğrenen plant'ın askeri kanadı ve adeta zaft'ın osman pamukoğlu'su olan commander le creusset idaresinde 6 genç zaft subayı bu gundamları ve archangel'ı çalarak zalim earth alliance'ın planlarına kef çalmak istemektedirler. ani bir baskınla hain heliopolisi şaşırtan zaft'ın yiğit oğulları 1 şehit vererek 5 gundam'ı ele geçirmişlerdir. archangel'ın nakliyesi ile görevli murrue rammius ise yaralı numarası yaparak earth allince'ın son kalan gundam'ı strike'ı o sırada oradan geçmekte olan bizim atanamamış ikari shinji ve luke skywalker arası bir şey olan ana karakterimize itelemiş ve kendisini mu la flaga adlı yağuşuklu abimizin kollarına atmıştır.