Kurucuları Yahiko, Konan ve Nagato olan oluşum.
Savaş sırasında mağdurlara yardım edip, ninja savaşlarına karşı duran ve barışı sağlamaya çalışan bir topluluktur. Ama Tobi'nin gizli planları, Hanzo ve Danzo'nun kurduğu tuzaklar yüzünden akatsuki çoğu üyesini (Yahiko'da dahil) kaybetmiştir. Yahiko'nun ölümünden sonra Nagato intikam almak için Hanzo'yu ve hanzo'ya bağlı olan herkesi katletmiştir. Verdiği kayıplar yüzünden acı çeken Nagato, dünyanın uzlaşma yolu ile barışa kavuşamayacağını düşünmeye başlamıştır. Dünyanın ancak çok büyük kayıplar verilerek, büyük acılar çekilerek barışa ulaşacağına inanmıştır. Daha sonra Pain takma adını kullanan Nagato, (yaptığı planlardan haberi olmadan) Tobi ile anlaşarak s-seviye güçlü ninjalardan oluşan yeni Akatsuki'yi kurmuşlardır. Yeni amaçları olarak tüm kuyruklu canavarları ele geçirip 10 kuyrukluyu diriltmek ve dünyaya büyük bir acı yaşatmak olmuştur.
Buraya kadar her şey güzeldi. Buradan sonra Tobi, Pain'i kukla gibi kullandı, sonra Madara, Tobi'yi. Daha sonra Zetsu, Madara'yı ve en sonunda Kaguya, Zetsu'yu kullandı. Akatsuki'de kuklanın kuklasının, ... , kuklasının kuklası oldu. Yazık oldu.